A Universidade San Marcos tem suas origens na primeira escola comercial que se estabeleceu na Costa Rica em 1922, com o nome de Escola de Comércio Manuel Aragón, especializada no ensino de Contabilidade e Comércio, nome que se manteve por muitos anos. .
Com o passar do tempo, o sistema educacional comercial privado em nosso país evoluiu e aquela primeira instituição educacional comercial foi transformada em instituição parauniversitária em 1974, com o nome de Instituto de Profesionalización en Ciencias Contadores Manuel Aragón (IPECCO), preservando como estava nas suas origens a especialidade no ensino de Contabilidade e Administração de Empresas.
Nas décadas de oitenta e noventa, uma evolução sem precedentes no ensino superior universitário surgiu na Costa Rica com a criação, pela primeira vez, de universidades privadas, razão pela qual alguns dos institutos universitários do parque da época evoluíram, tornando-se instituições instituições universitárias privadas. entre outros o IPECCO, dando lugar em 1996 à Universidade San Marcos em Ciências Administrativas, respeitando a sua tradicional especialização nas áreas de Contabilidade e Administração de Empresas até os dias atuais.